Durant aquest segle la principal preocupació dels menorquins seguia sent la defensa contra possibles invasors i pirates, que ja no són solament els turcs i bàrbars , sinó també els de nacions europees en guerra amb Espanya.
El castell de Sant Felip va guanyant en importància i en temps de Carlos II arriba a disposar de més de cent canons de gruixut calibre i la planta de la fortalesa s'amplia amb nous baluards i revellines, que li donen la seva forma estavellada.
A principis de segle es treballava en les muralles de Ciutadella, la guarnició de les quals durant el regnat de Felip IV es componia de cent trenta soldats.
El port de Fornells estava desert i en ell s'aixoplugaven amb tota facilitat les naus pirates. El governador don Baltasar de Borja va emprendre la construcció d'un fort al costat de l'entrada en la part de ponent, col·locant-se la primera pedra el 5 de juny de 1625.
També es van aixecar en la costa algunes torres de vigilància de defensa, la finalitat del qual era advertir ràpidament, amb senyals de foc, de la presència de naus i esquadres. Daten de principis del segle XVII les torres de Binissegarra, És Banyul, Artrutx, Algaiarens, Binimel.là, És Canutells, La Mola i Sant Nicolau de Ciutadella.
Les incursions musulmanes si ben van ser de menor escala que al segle anterior no van deixar d'inquietar constantment als menorquins i sobretot als habitants dels predis propers a les costes. Era freqüent que durant la nit es presentessin algunes naus algerianes i els seus tripulants es dediquessin a rondar portant-se com a botí guanyats i pagesos, si aquests no aconseguien defensar-se i fer front als enemics.
La més famosa d'aquestes incursions és la que es va produir en la possessió de Ses Coves en la costa nord i que va ser repel·lida per les forces armades d'Alaior composta d'uns 120 arcabussers capitanejat per Bartolomé Pons i uns deu genets al comandament de Miguel Barsola, senyor dels predios de Binifabini, Lucatx i Ses Coves.
Un altre problema que inquietava molt la vida dels menorquins era el bandolerisme. Quan alguna persona era citada a judici per ser insolvent o per haver pres part en retasta de carrer, o per altres motius, llavors si l'inculpat per temor a la severitat dels jutges, que fàcilment condemnaven a galeres o a la pena cabdal, deixava de presentar-se i s'amagava, de seguida es publicava un bàndol declarant-li fos de la llei i prometent recompenses a qui ho capturés. D'aquí els va venir el nom de "bandejats" a aquests individus que es veien obligats a ajuntar-se amb altres bandits ja habituals amb els quals formaven quadrilles, vivint del robatori i fugint dels quals els perseguissin.
En aquest segle van continuar les desavinences entre les autoritats i a més es van accentuar les discòrdies entre els pobles de la illa. El règim municipal estava constituït per quatre Universitats particulars, les de Ciutadella, Maó, Alaior i Mercadal, i la General de tota Menorca, en la qual Ciutadella tenia molta preponderància i això no complaïa a les altres poblacions i sobretot a Maó, que per la importància del seu port i del castell de Sant Felip, adquiria cada vegada major rang i era freqüentment visitat per les esquadres espanyoles, la qual cosa li va portar a fer moltes temptatives per independitzar-se de Ciutadella i de la Universitat General.
Després de molts intents en 1641 es va obtenir una disminució dels vots, que Ciutadella tenia a la Universitat General i que els propietaris paguessin els impostos no on ells residissin, que era principalment Ciutadella (la capital), sinó a les Universitats on radiquessin les seves finques i que els Síndics de Maó tinguessin des de llavors el títol i insígnies de jurats.
Durant les guerres d'Espanya amb França, Menorca estava en constant perill de ser envaïda pels francesos i per evitar-ho va passar a Maó en 1637 l'esquadra de l'Almirall Oquendo, composta per onze vaixells. L'almirall, per disposició del rei, es va encarregar durant un any i mitjà amb interrupcions del govern de la illa i en l'acompliment d'aquest càrrec va donar gran impuls a la construcció de fortificacions.
Des de llavors van ser molt freqüents les visites d'esquadres espanyoles a Maó. L'Alcaide de Sant Felip adquiria cada vegada major predomini i s'enfrontava de vegades amb les altres autoritats de la illa. En 1706 va quedar constituït governador permanent de la mateixa, en perjudici de les autoritats insulars, situades a Ciutadella.