En tornar l'administració espanyola, es prohibeix la llengua catalana a l'escola, creixen les traves per a l'activitat comercial, s'implanten les matrícules del mar i el servei militar obligatori. És el pas d'un sistema de llibertats públiques a un altre centralitzat i absolutista. Al segle XVIII l'illa havia experimentat un cert enlairament econòmic, i de cop torna a un règim medieval i agrari. Només en el port de Maó segueix havent-hi prou moviment, ja que era considerat en aquests temps com un dels més estratègics del Mediterrani.
L'1 de Juny de 1808 l'afrancesat coronel del regiment de Soria instal·lat a Maó, va intentar un alçament bonapartista; però no va ser secundat ni pels oficials i soldats ni pel poble. L'endemà passat va anar solemnement proclamat rei Fernando VII, justament mentre l'emperador francès imposava com a sobirà del poble espanyol al seu germà José Bonaparte.
Va haver-hi aldarulls provocades per les tropes destacades a Menorca (regiments de Soria, Granada, Borbó, voluntaris de Catalunya i artillers), que el 29 de juny es van aixecar contra els seus caps, desitjant anar a combatre en la península contra els francesos. Els disturbis es van succeir fins que el 19 de juliol van embarcar 5.000 homes a càrrec de la Universitat de Maó.
La pau i tranquil·litat que gaudia Menorca va atreure un gran nombre de fugitius, principalment de Catalunya, fugint dels horrors de la guerra napoleònica. El port de Maó desbordava de bucs anglesos i espanyols que portaven de continu noves famílies que venien a establir-se per algun temps a Menorca.
En 1810 el govern espanyol, davant la constant sagnia de la Guerra de la Independència, va fer una extraordinària crida a files. Els mossos de Menorca, poc inclinats al servei militar, es van alçar en tumultuosa revolució. Els principals motins es van donar a Maó i Alaior, on van arribar a destruir els arxius i destruir els mobles de la intendència i de la casa consistorial. També va haver-hi xivarris en Vila-Carlos (actualment Es Castell) i Sant Lluís. Les autoritats de la illa van ser mal vistes, i es va condemnar als pobles de Maó i Alaior a la multa de 50.000 duros, encara que després va ser rebaixada.
En 1820, en canvi, en reclamar l'Estat nous reclutes per fer front a l'alçament de les possessions americanes, es va reaccionar d'una altra manera. Encara que l'allistament es va dur a terme, els mossos de cases riques podien pagar-se un substitut -que a Ciutadella van arribar a rebre fins a 500 duros- . A més hi havia un altre mètode per no ser allistat: el matrimoni. En vista d'això tots els joves amenaçats pel temor de les cinquenes es va apressar a contreure matrimoni, de vegades amb la primera noia que trobaven, amb el que aquest any es va qualificar de "any de les noces".
Quan el mariscal francès Bourmont va conquistar Algèria en 1830, el govern francès va donar grans facilitats als quals van voler colonitzar aquell extens territori. Molts menorquins van marxar allà desitjosos de millorar les seves condicions de vida. La gran majoria es van establir en el poblet de Fort-de-l'Eau, que semblava una continuació de les poblacions menorquines, per mantenir la seva tradició i cultura. L'estada de la colònia menorquina a Algèria va continuar fins a la independència d'aquell país; tots van fugir d'allí i la majoria es van instal·lar a França.
En haver-hi una situació de gran pobresa a la illa, la construcció de la fortalesa de la Mola (1840) va suposar un alleujament, en donar treball a moltes famílies.
A mitjan segle XIX apareixen les primeres fàbriques de calçat, que des de Ciutadella transformaran l'economia menorquina, exportant sobretot a Cuba. També a Maó s'instal·la la primera indústria tèxtil. Durant aquest temps creix la influència mahònica i protestant, radicada especialment al barri de l'eixample mahonés. A Menorca es dóna una tendència a l'associacionisme social i cultural que no es produeix a Mallorca o Eivissa.